Dr. Michael Schäfer war von 1997 bis 2005 in verschiedenen Tätigkeitsbereichen des Deutschen Bundestages beschäftigt. Ab April bis November 2005 war Herr Schäfer im Bundesministerium der Verteidigung Referent im Büro des damaligen Bundesministers Dr. Peter Struck. Nach dem Regierungswechsel im Jahr 2005 war Schäfer Referent im Büro des SPD-Fraktionsvorsitzenden Dr. Peter Struck und ab 2009 im Büro des Nachfolgers, Frank-Walter Steinmeier. 2013 wechselte Dr. Schäfer in den Leitungsstab des Auswärtigen Amtes, wo er die Leitung des Referats 011 für Kabinetts- und Parlamentsangelegenheiten übernahm. Ab Oktober 2014 wurde er zum Geschäftsführer der SPD-Bundestagsfraktion ernannt, diese Position führte Dr. Michael Schäfer bis Dezember 2021 aus. Anschließend übernahm Schäfer die Leitung der Abteilung Information und Dokumentation innerhalb der Verwaltung des Deutschen Bundestags. Im August 2022 übernahm Schäfer das Amt des Direktors des Deutschen Bundestags, diese Position füllte er bis Mai 2025. Seither ist Dr. Michael Schäfer Staatssekretär und Amtschef im Bundesministerium für Arbeit und Soziales.